З пункту гледжання фізіялогіі аўтагенная трэніроўка дазваляе кіраваць працэсамі ўзбуджэння і тармажэння, дасягаючы іх ўраўнаважвання. Пры пастаянным выкарыстанні дадзенай методыкі павышаецца здольнасць арганізма хутка прыстасоўвацца да зменлівых умоў асяроддзя, актывізуюцца разумовыя працэсы, нармалізуецца праца нервовай сістэмы, паляпшаецца памяць. Вялікае значэнне аўтагенная трэніроўка мае для зняцця сіндрому стомленасці, аднаўлення нармальнага эмацыйнага стану арганізма пасля перанесенага стрэсу, для паляпшэння памяці і ўвагі. У лячэбных мэтах дадзеная методыка выкарыстоўваецца пры неўрозах і іншых функцыянальных засмучэннях, а таксама для нармалізацыі працы асноўных сістэм арганізма і рэгуляцыі абменных працэсаў.
Аўтагенная трэніроўка даступная для вывучэння і засваення практычна кожнаму чалавеку. Паколькі значэнне гэтай психогигиенической методыкі для нармальнай працы арганізма проста неацэнна, а для саміх трэніровак не патрабуецца ніякага спецыяльнага абсталявання або трэнажораў, то для любога жадаючага асвоіць прыёмы аўтагеннай трэніроўкі дастаткова ўсяго толькі некалькіх хвілін у дзень для падобных заняткаў. Аднак нават такога невялікага часу будзе дастаткова для фарміравання ўмення правільна напружваць і расслабляць мышцы, канцэнтраваць увагу на абраным аб'екце, рэгуляваць эмацыйны стан, падтрымліваць нармальную працу вегетатыўнай часткі нервовай сістэмы і з дапамогай гэтага ажыццяўляць кантроль за функцыянальным станам унутраных органаў.
Асноўнай часткай аўтагеннай трэніроўкі з'яўляецца працэс самаўнушэння, пры якім выкарыстоўваюцца славесныя формы. Фразы павінны прамаўляцца уладарным тонам ад першай асобы адзіночнага ліку, т. Е. Яны павінны пачынацца прыкладна так: «Я спакойная ... я адчуваю сябе ўпэўнена ...» і г.д. У адпаведнасці з правіламі аўтагеннай трэніроўкі ў такіх фразах не варта ўжываць часціцу "не", гэта значыць замест выразу «я не хворая» трэба прамаўляць «я здаровая», а замест «я зусім не хвалююся» лепш прамаўляць «я цалкам спакойная». Прычым дадзеныя выразы неабходна прамаўляць у пэўным парадку. У пачатку трэніроўкі варта прамаўляць фразы, накіраваныя на паслабленне і рэлаксацыю, затым - фразы, якія мэтанакіравана ўздзейнічаюць на арганізм і спрыяюць дасягненню асноўных псіхотерапевтіческіх задач дадзенага сеансу, а пры завяршэнні трэніроўкі - выразы, якія павінны здымаць паслабленне і аказваць мабілізуючы эфект. Пры правільным выкананні методыкі чалавек ўпадае ў стан лёгкай полудрёмы, падчас якой і адбываецца аздараўленчае самаўнушэнне, якое спрыяе падтрыманню нармальнай працы арганізма.
Устаноўлена, што пры розных тыпах эмацыйнага стану адзначаецца падвышаны напружанне той ці іншай групы цягліц. Напрыклад, пры дрэнным настроі назіраецца павышаная напружанне мускулатуры органаў дыхання, а пры страху павышаецца напружанне мімічных цягліц. Таму, дасягаючы падчас аўтагеннай трэніроўкі паслаблення пэўнай мускулатуры, можна тым самым забяспечваць нармальную працу арганізма і змяняць у лепшы бок сваё псіхалагічны стан. Такім чынам, на падставе наяўнасці сувязі паміж цягліцавымі групамі і эмацыйным станам арганізма, можна значна знізіць нервова-эмацыянальны перанапружанне, паменшыць стомленасць і тым самым спрыяць больш хуткаму аднаўленню неабходнага ўзроўню працаздольнасці.
Нягледзячы на ўяўную прастату аўтагеннай трэніроўкі і яе велізарная станоўчае значэнне для нармальнай працы арганізма, усё ж існуюць некаторыя цяжкасці ў выкарыстанні дадзенай методыкі. Напрыклад, для дзяцей ва ўзросце да 12 гадоў прымяненне аўтагеннай трэніроўкі часцяком аказваецца малаэфектыўным, паколькі ў гэтым узроставым перыядзе назіраецца яшчэ не дастаткова ўсвядомленае стаўленне да ўласнай асобы. У пажылых людзей таксама могуць узнікаць пэўныя цяжкасці пры спробах асваення дадзенай психогигиенической методыкі, паколькі з узростам тонус папярочна-паласатай мускулатуры няўхільна зніжаецца і кіраваць расслабленнем цягліц становіцца нашмат складаней.